48 QTL 作图中零假设检验统计量分布特征及LOD 临界值估计方法

孙子淇、李慧慧、张鲁燕、王健康。2013。QTL 作图中零假设检验统计量分布特征及LOD 临界值估计方法。作物学报39(1): 1-11。

摘要: 研究QTL 作图中零假设检验统计量分布特征, 可以帮助我们选取合适的LOD 临界值, 以控制全基因组显著
性概率水平下犯第一类错误的概率。本文利用模拟方法, 研究了QTL 作图中单个扫描位点的似然比检验(LRT)统计
量在零假设下的分布特征、影响最大LOD 统计量累积分布的因素以及不同群体在不同标记密度下有效独立检验次数
与染色体长度的关系。结果表明, 在定位加显性效应QTL 的一维扫描和定位上位性互作QTL 的二维扫描中, 单个扫
描位置上的LRT 统计量均服从卡方分布, 其自由度等于检测QTL 遗传参数的个数; 染色体个数、群体大小和表型测
量误差方差对零假设下检验统计量的分布没有影响, 即不影响LOD 临界值的选取, 而群体类型、标记密度和染色体
长度有明显影响, BC1、RIL 和F2 三种类型的群体中, BC1 群体的临界值最小, F2 群体的临界值最大, 标记越密染色体越长,
对应的LOD 临界值越大; QTL 一维扫描中有效独立检验次数与染色体长度呈正比, 二维扫描中有效独立检验次数与染色
体长度呈二次幂关系。借助Bonferroni 矫正, 给出了全基因组显著性水平与单个扫描位点显著性水平间的关系, 因此, 研
究者可根据作图群体的群体类型、标记密度和基因组长度, 很方便地确定特定全局显著性概率水平下的LOD 临界值。
关键词: QTL 作图; 似然比检验; LOD 统计量; 零假设; 显著性水平; 独立检验次数

点击下载